Структура медицинского института хорошо продумана и полностью соответствует функциональным задачам. Мединститут является структурным подразделением ФГАОУ ВО «Северо-Восточный федеральный университет имени М.К.Аммосова». Подготовка специалистов на додипломном этапе ведется на 18 кафедрах по 6 специальностям: лечебное дело, педиатрия, стоматология, фармация, медико-профилактическое дело и сестринское дело. На последипломном этапе – на 5 кафедрах факультета последипломного обучения врачей.