Подготовка по направлению «Программная инженерия» обеспечивает знаниями и компетенциями в области проектирования, конструирования и эксплуатации программных систем. Специалисты, закончившие магистратуру 09.04.04, умеют проектировать, тестировать, инсталлировать и сопровождать сложные программные системы и комплексы, создавать базы данных, управлять обработкой больших данных, разрабатывать сайты, проектировать и обучать искусственные нейронные сети. Особенностью данного направления является сочетание знаний языков программирования, методов тестирования, а также организации вычислительных процессов в суперкомпьютерах и вычислительных кластерах.
Будущим программистам предстоит серьезная математическая подготовка, изучение алгоритмических языков и программирования, методов защиты компьютерной информации.